MS for All Omics est spécialisé dans la protéomique basée sur la spectrométrie de masse pour la biologie, l’industrie alimentaire, le patrimoine culturel et l’environement.
Elle fournit des services aux universitaires et aux entreprises, ainsi que des développements méthodologiques et technologiques. MS for all Omics est coordonné par le Dr.Fabrice Bray. Le personnel est impliqué dans ProFICore
La plateforme de protéomique est un des sites du TGE FT-ICR via le spectromètre de masse FT ICR 9,4 tesla
La plateforme est ouverte à l’ensemble des équipes de recherche de l’Université de Lille et dans la mesure de ses possibilités, aux équipes extérieures à l’Université.
Deux types de services sont offerts par la plateforme :
- l’accès direct aux instruments
- les collaborations qui représentent souvent des projets de plus grande ampleur
La plateforme possède différents logiciels d’analyse MASCOT Distiller, Proteome discover, PEAKS X, Proteome deconvolution, Maxquant, Skyline, la suite de logiciel pour les MALDI TOF et TOF-TOF, le FT-ICR. Ainsi qu’un serveur avec les bases de données Swissprot, NCBi mais aussi des bases de données internes.
L’objectif de la Plateforme de Protéomique est de mettre à disposition des équipes qui s’adressent à elle un équipement, une compétence scientifique et un savoir-faire adaptés aux questions posées, depuis les plus simples (identification de protéines provenant d’un organisme entièrement séquencé) jusqu’aux plus complexes (quantification des variations, dynamique des modifications post-traductionnelles,…), dans le cadre de collaborations et de prestations.
La plateforme réalise :
- Identification de protéines par digestion enzymatique à partir d’échantillons variés (poudre, liquide, os, tissue, plasma, gel…)
- Quantification de protéine par méthode Label Free, SILAC, TMT
- Quantification ciblée avec l’utilisation de peptides AQUA et de la méthode PRM
- Analyse de protéines intactes. Analyse de modifications post-traductionelles (phosphorylation, glycosylation…)
- Enrichissement en phospho ou glycopeptides / protéines avec utilisation de colonne à façon
- Analyse d’échantillons d’héritage culturel, d’archéologie ou paléontologie
- Analyse de lipides comme les triacylglycéroles ou de métabolomique.
La plate forme de protéomique possède de nombreux logiciels pour l’analyse des données de protéomique. Cela comprend les logiciels de traitement des spectres et chromatogrammes des appareils jusqu’aux solutions bioinformatiques des constructeurs.
La plateforme possède :
- un serveur DELL Power Edge R920 avec 4 processeurs Intel Xeon E7-4850v2 à 2,3GHz 12 coeurs, 512Go de RAM, 2 disques durs 1.6 To SSD SATA, 8 disques durs 1 To Nearline SAS 6 Gbps 7200 Tpm
- Rack Dell NetShelter SX 24U
- Mascot Server 2.5, Mascot Daemon &Mascot Distiller 2.5
- PEAKS X de Bioinformatics Solutions Inc
- Proteome Discoverer 2.2 de Thermo Scientific
- LC-Progenesis et Same Spot de NonLienar Dynamics
- Byonic
- Proteome deconvolution 4.0
Des solutions informatiques libres sont implémentées comme :
MaxQuant et Perseus = quantification + statistique
skyline = quantification + statistique
Cytoscape = analyse biologique
…
Ces logiciels sont utilisés pour l’identification des protéines en bottom up, des modifications, la quantification (sans ou avec marquage), l’identification de glycosylation ou phosphorylation, l’analyse des protéines en TOP Down MSMS. Développements d’outils bio-informatiques pour l’analyse protéomique avec Marc HAEGELIN (IE-CNRS).
contact : msap-plateformes@univ-lille.fr